Die Franziskanerkirche und das Kloster in der Haydngasse wurden um 1386 von Erzbischof Johann Kanizsai gegründet.
1529 wurde die Franziskanerkirche durch die Türken zerstört.
1629 baute Graf Nikolaus Esterházy nach der siegreichen Schlacht von Lackenbach die Kirche in barockem Stil aus den Ruinen wieder auf.
1630 wurde sie zu Ehren des hl. Erzengels Michael geweiht und dem bereits 1625 gegründeten Franziskanerkonvent übergeben.
Im Inneren der Kirche befinden sich schöne Renaissancealtäre italienischer Meister, mit reichen Stuckverzierungen, aus der Erbauungszeit.
Auf der Empore können wir eine weitere Haydnorgel aus dem
18. Jahrhundert bewundern.
Der Blick wird jedoch von der Rokokokanzel aus dem Jahr 1752 angezogen. Die Reliefs stellen die Fisch- und die Vogelpredigt des hl. Franziskus dar.
Im zweiten Stock des Franziskanerklosters befindet sich das Diözesanmuseum, welches 1981 mit einer Sonderausstellung eröffnet wurde.
Im Osttrakt des Klosters ist die fürstliche Gruft eingebaut. Die Gruft wurde als neogotische dreischiffige Pfeilerhalle mit zwei Jochen errichtet und von Ferenc Storno sen. 1856/57 erweitert.